對于水質檢測儀來說有一些數據不論現場檢測，還是在實驗室進行檢測時都獲取不到的，比如飲用水水質微生物的檢測，想要得到它們的數據，如果依靠水質檢測儀是無法得到數據的，而且想知道飲用水中具體每一種的微生物類型，就必須使用別的一些相應的檢測方法。
（1）回收和濃縮，（2）純化和分離，以及（3）測定和表征。在大多數情況下水里的微生物濃度很低，因此實際檢測需要初始化從水中濃縮或濃縮的步驟。因為病原體的許多濃縮和回收程序也能夠在水樣中得到其他成分，因此需要進行純化，將不需要的物質分離。但此時的濃縮樣品的體積通常仍然太大，還達不到分析的標準，因此需要額外的濃縮步驟和純化。
微生物的物理化學性質對于回收也有要影響。比如形狀的大小會影響回收的物理方法，如過濾沉淀和浮選。微生物的表面性質，如它們的親水性，滲透性和化學反應性會影響化學分離。大多數微生物在中性pH下是親水的和帶負電荷的，但是大多數微生物也有疏水性，并且它們具有疏水和親水結構域。一些微生物具有穩定階段或形式。一些細菌也具有影響物理化學行為的其他特征，例如外多糖層（膠囊）和附屬物，例如鞭毛和皮毛（fimbrae）。在回收和濃縮微生物的方法中，必須考慮這些多種多樣的物理和化學性質。
水分析的典型的MF方法是通過使已知體積的水通過孔徑足夠小以消除細菌細胞（通常為0.45μm）的無菌膜過濾器來進行的。然后將過濾器無菌地轉移到瓊脂板的表面或用合適的選擇性培養基飽和的吸收墊。允許在過濾器的表面上發育，并且可以直接計數和檢查。MF方法快速且易于執行，需要很少的孵化器空間，并且可以處理非常大量的水。在過去30年中它們已經成為用于指示生物的水的微生物檢查的首選方法。
雖然微生物水分析的大多數人仍然依賴于傳統的培養方法和MF方法。但獲得結果所需的時間比較長，對于一些特定的微生物我們可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技術的方法可以快速檢測指示生物如大腸桿菌，和特定病原體，尤其是在MF分析法相結合時是快速有效的手段，但檢測一些沒有活性細胞時數據會偏高
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